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編者按：

　　日前，我?？迪酀淌趫F(tuán)隊(duì)與澳大利亞西澳大學(xué)等單位合作，構(gòu)建了首個(gè)雞泛基因組，并解析了影響雞生長(zhǎng)性狀主效基因IGF2BP1的致因突變。

　　7月30日，該研究成果在國(guó)際著名期刊Molecular Biology and Evolution（IF=16.24），以Article形式在線發(fā)表。

　　先有雞還是先有蛋——這個(gè)帶著哲學(xué)思考的科學(xué)問題輾轉(zhuǎn)至今也未被完全解答。拋開這個(gè)千古難題，在漫長(zhǎng)的歲月里，雞不僅征服了全球，也征服了人類餐桌。雞肉幾乎無人不食，雞蛋做法簡(jiǎn)單粗暴而美味、雞肉更是煎炒烹所向披靡。

　　家雞是世界上最早馴化的動(dòng)物之一。多項(xiàng)證據(jù)表明家雞是由紅原雞的一個(gè)亞種馴化而來，但其它原雞屬（灰原雞、綠原雞和黑尾原雞）也對(duì)家雞存在基因滲入現(xiàn)象。因此，家雞不僅是從紅原雞進(jìn)化而來，而且是多個(gè)原雞混合形成的品種。而現(xiàn)在家雞的參考基因組僅從一只紅原雞測(cè)序組裝而來，當(dāng)前的參考基因組(GRCg6a)不能夠覆蓋所有家雞的遺傳變異。同時(shí)，近年來研究發(fā)現(xiàn)大量的表型變異是由基因組結(jié)構(gòu)變異導(dǎo)致的，因此，構(gòu)建雞的泛基因組，不僅可以完善雞基因組，而且可捕獲更多的結(jié)構(gòu)變異，用來解析表型變異的遺傳基礎(chǔ)。

　　該研究共使用了868只雞的二代測(cè)序數(shù)據(jù)。其中，359只雞的數(shù)據(jù)來自河南農(nóng)業(yè)大學(xué)家禽種質(zhì)資源場(chǎng)于2003年建立的固始-安卡雞F2代資源群以及保存的固始雞、淅川烏骨雞保種群，509只雞的數(shù)據(jù)來源于公共數(shù)據(jù)庫?；凇癛eference-based Iterative Mapping and Assembly ”方法，利用664只雞的數(shù)據(jù)構(gòu)建了首個(gè)雞的泛基因組，發(fā)現(xiàn)有~66.5 Mb的序列在目前參考基因組中不存在。全基因組PAV（Presence/Absence variation）分析發(fā)現(xiàn)：選擇、雜交和遺傳漂變因素均可以重塑群體的PAV特征。另外，PAV-GWAS 和功能研究發(fā)現(xiàn)，IGF2BP1基因啟動(dòng)子區(qū)存在著L1和L2兩種突變類型，與雞多個(gè)生長(zhǎng)/體尺性狀顯著相關(guān)，并對(duì)相關(guān)數(shù)量性狀的表型方差貢獻(xiàn)很大。

　　該研究構(gòu)建的泛基因組，將為我國(guó)地方雞生長(zhǎng)性狀形成的遺傳機(jī)制解析、資源鑒定和保護(hù)利用提供重要的理論指導(dǎo)；首次解析的位于27號(hào)染色體上影響雞生長(zhǎng)性狀主效基因IGF2BP1的致因突變的分子標(biāo)記，將為我國(guó)“十四五”規(guī)劃中的種業(yè)振興，破解種業(yè)“卡脖子”問題，提供重要的技術(shù)支撐！

　　據(jù)悉，河南農(nóng)業(yè)大學(xué)建有河南省雞種質(zhì)資源創(chuàng)新與利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、河南省家禽育種國(guó)際聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室和河南省家禽種質(zhì)資源創(chuàng)新工程研究中心等5個(gè)省部級(jí)研究平臺(tái)，擁有設(shè)施設(shè)備一流、保存了28個(gè)特色資源的河南農(nóng)業(yè)大學(xué)家禽種質(zhì)資源場(chǎng)。康相濤教授團(tuán)隊(duì)是教育部、農(nóng)業(yè)部科研創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)，一直致力于地方雞遺傳資源保護(hù)與利用研究。團(tuán)隊(duì)長(zhǎng)期圍繞地方雞種質(zhì)資源保護(hù)和利用開展研究，先后主持承擔(dān)國(guó)家“863”計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、河南省重大專項(xiàng)等國(guó)家和省部級(jí)科研項(xiàng)目50余項(xiàng)；育出特色新品系19個(gè)，新發(fā)現(xiàn)國(guó)家遺傳資源1個(gè)，培育國(guó)審新品種（配套系）3個(gè)，獲國(guó)家技術(shù)發(fā)明二等獎(jiǎng)1項(xiàng)、國(guó)家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)1項(xiàng)。

　　河南農(nóng)業(yè)大學(xué)康相濤教授、李文婷副教授和澳大利亞西澳大學(xué)David Edwards教授為論文的通訊作者。河南農(nóng)業(yè)大學(xué)青年教師王克君博士和西澳大學(xué)胡海飛博士為論文的第一作者。該研究得到了教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)（IRT16R23）、國(guó)家自然基金青年基金項(xiàng)目（31902144）和中原學(xué)者科學(xué)家工作室專項(xiàng)基金（30601985）的資助。

附：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)家禽團(tuán)隊(duì)簡(jiǎn)介

　　該團(tuán)隊(duì)為教育部、農(nóng)業(yè)部科研創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)，現(xiàn)有核心成員15名，均具有博士學(xué)位。其中，中原學(xué)者、省特聘教授各1人，河南省認(rèn)定的高層次人才6人，博士（碩士）生導(dǎo)師4人，碩士生導(dǎo)師10人。團(tuán)隊(duì)長(zhǎng)期圍繞地方雞種質(zhì)資源保護(hù)和利用開展研究，先后主持承擔(dān)國(guó)家“863”計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、河南省重大專項(xiàng)等國(guó)家和省部級(jí)科研項(xiàng)目50余項(xiàng)。育出特色新品系19個(gè)，新發(fā)現(xiàn)國(guó)家遺傳資源1個(gè)，培育國(guó)審新品種（配套系）3個(gè)；發(fā)表學(xué)術(shù)論文430余篇，其中SCI文章100余篇。出版著作27部；獲授權(quán)發(fā)明專利38項(xiàng)；培養(yǎng)博士、碩士研究生150余人；主持獲國(guó)家技術(shù)發(fā)明獎(jiǎng)、國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)各1項(xiàng)。

　　依托團(tuán)隊(duì)建有河南省雞種質(zhì)資源創(chuàng)新與利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、河南省家禽育種國(guó)際聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室和河南省家禽種質(zhì)資源創(chuàng)新工程研究中心等5個(gè)省部級(jí)研究平臺(tái)，以及設(shè)施設(shè)備一流、保存28個(gè)特色資源的河南農(nóng)業(yè)大學(xué)家禽種質(zhì)資源場(chǎng)。

校對(duì) PROOFREADER

王鈺皓　吉柯璇

排版 EDITOR

柳越青

科研攻關(guān)農(nóng)大行！